Va néixer a Sevilla fill del pintor José Domínguez Insausti i de Joaquina Bastida de Vargas. Pel costat patern descendia d’una noble família de comerciants d’origen flamenc, els Becker o Bécquer, establerta a la capital andalusa al segle XVI; del seu prestigi n’és testimoni el fet que posseïren capella i sepultura en la mateixa catedral de Sevilla des de 1622. La seua casa natal ja no existeix. Va ser batejat a l’església de San Lorenzo Mártir de Sevilla. Els seus avantpassats directes, començant pel seu mateix pare, José Domínguez Bécquer, van ser pintors de costums andalusos, i tant Gustavo Adolfo com el seu germà Valeriano van estar molt dotats per al dibuix. Valeriano, de fet, es va inclinar per la pintura. El pare va morir el 26 de gener de 1841, quan el poeta tenia cinc anys. L’any 1846, amb deu anys, Gustavo Adolfo va ingressar al Col·legi de Nàutica de San Telmo, a Sevilla, on va aprendre d’un deixeble del gran poeta Alberto Lista, Francisco Rodríguez Zapata, i va conèixer el seu gran amic i company d’afanys literaris Narciso Campillo. Però els germans Bécquer van quedar orfes també de mare l’any següent, el 27 de febrer de 1847, i van ser adoptats llavors per la seua tia María Bastida. Valeriano i Gustavo van estar molt units, i de fet van emprendre molts treballs i viatges junts.

Es va suprimir el Col·legi de Nàutica i Gustavo Adolfo va quedar desorientat. Va passar a viure llavors amb la seua padrina Manuela Monahay, acomodada i de certa sensibilitat literària. En la seua biblioteca el poeta va començar a aficionar-se a la lectura. Va iniciar llavors estudis de pintura en els tallers dels pintors Antonio Cabral Bejarano i Joaquín Domínguez Bécquer, oncle de Gustavo, que li va pronosticar “tu no seràs mai un bon pintor, sinó un dolent literat”, encara que el va estimular en els estudis i li va pagar classes de llatí. Després d’uns primers passos literaris (escriu en El trono y la nobleza de Madrid i en les revistes sevillanes La Aurora i El Porvenir) va traslladar-se a Madrid l’any 1854, amb el desig de triomfar en la literatura. Va patir una gran decepció i va sobreviure amb penes i treballs en la bohèmia d’aquells anys. Per a guanyar alguns diners va escriure, en col·laboració amb els seus amics (Julio Nombela i Luis García Luna), comèdies i sarsueles com La novia y el pantalón(1856), sota el pseudònim de Gustavo García, satiritzant l’ambient burgès i antiartístic que l’envoltava, o La venta encantada, basada en Don Quixot. Aquest any va viatjar amb el seu germà a Toledo buscant inspiració per al seu llibre Història dels temples d’Espanya. Va ser lloc d’amor i de pelegrinatge per a ell. En aquell temps li interessaven el Byron de les Hebrew Melodies o el Heine de l’Intermezzo, que havia conegut a través de la traducció que Eulogio Florentino Sanz havia publicat l’any 1857 en la revista El Museo Universal. Va ser precisament aquest any, 1857, quan se li va declarar la tuberculosi que l’hauria d’enviar a la tomba. També aquest mateix any va gaudir d’una modesta ocupació dins de la Direcció de Béns Nacionals, però va perdre el lloc de treball, segons certa llegenda, en sorprendre’l el seu cap dibuixant. El seu pessimisme anava creixent dia a dia i només les atencions de la seua patrona a Madrid, Valeriano i alguns amics el van ajudar per a superar la crisi. El mateix any va començar un ambiciós projecte inspirat per El geni del cristianisme de Chateaubriand: estudiar l’art cristià espanyol unint el pensament religiós, l’arquitectura i la història: “La tradició religiosa és l’eix de diamant sobre el qual gira nostre passat. Estudiar el temple, manifestació visible de la primera, per a fer en un sol llibre la síntesi del segon: heus ací el nostre propòsit”. Però només eixirà el primer tom de la seua Història dels temples d’Espanya, amb il·lustracions de Valeriano.